Bayesian Search Under Dynamic Disaster Scenarios

Search and Rescue (SAR) is a hard decision making context where there is available a limited amount of resources that should be strategically allocated over the search region in order to find missing people opportunely. In this thesis, we consider those SAR scenarios where the search region is being affected by some type of dynamic threat such as a wilder or a hurricane. In spite of the large amount of SAR missions that consistently take place under these circumstances, and being Search Theory a research area dating back from more than a half century, to the best of our knowledge, this kind of search problem has not being considered in any previous research. Here we propose a bi-objective mathematical optimization model and three solution methods for the problem: (1) Epsilon-constraint; (2) Lexicographic; and (3) Ant Colony based heuristic. One of the objectives of our model pursues the allocation of resources in riskiest zones. This objective attempts to find victims located at the closest regions to the threat, presenting a high risk of being reached by the disaster. In contrast, the second objective is oriented to allocate resources in regions where it is more likely to find the victim. Furthermore, we implemented a receding horizon approach oriented to provide our planning methodology with the ability to adapt to disaster's behavior based on updated information gathered during the mission. All our products were validated through computational experiments.MaestríaMagister en Ingeniería Industria

Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

Funder: NCI U24CA211006Abstract: The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts

Sensitivity and specificity of prick skin test with two concentrations of standardized extract of Culex quinquefasciatus in allergic children

BACKGROUND: Diagnostic options for immune reactions to mosquito bites are limited. In Cuba, IgE-mediated reactions are frequently related to Culex quinquefasciatus bite. OBJECTIVE: To determine the sensitivity and specificity of skin prick test with two doses of standardized extract in nitrogen protein units (PNU) of Culex quinquefasciatus (BIOCEN, Cuba). MATERIAL AND METHOD: An analytical study was conducted on 100 children between 2 and 15 years old. Fifty atopic patients with a history of allergy to mosquito bite and positive specific serum IgE Culex quinquefasciatus and fifty atopic patients without a history of allergy to mosquito bite and negative specific serum IgE to Culex quinquefasciatus. Skin prick tests (SPT) were performed by duplicates on the forearms of the patients. Investigated doses were 100 PNU/mL and 10 PNU/mL. RESULTS: SPT with the highest concentration obtained a mean wheal size of 22.09 mm2and for lower doses of 8.09 mm2, a statistically significant difference (p=0.001, Student’s t test). Positive skin test correlated in 100% of patients with the presence of specific IgE. Testing with both doses showed a 94% of specificity and 88% of sensitivity. CONCLUSION: The diagnostic accuracy of SPT using both doses of standardized extract was similar, which justifies its use for diagnosis of sensitization to Culex quinquefasciatusin patients with symptoms of allergy to mosquito bite

Red List assessment of amphibian species of Ecuador: A multidimensional approach for their conservation.

Ecuador is one of the most biodiverse countries in the world, but faces severe pressures and threats to its natural ecosystems. Numerous species have declined and require to be objectively evaluated and quantified, as a step towards the development of conservation strategies. Herein, we present an updated National Red List Assessment for amphibian species of Ecuador, with one of the most detailed and complete coverages for any Ecuadorian taxonomic group to date. Based on standardized methodologies that integrate taxonomic work, spatial analyses, and ecological niche modeling, we assessed the extinction risk and identified the main threats for all Ecuadorian native amphibians (635 species), using the IUCN Red List Categories and Criteria. Our evaluation reveals that 57% (363 species) are categorized as Threatened, 12% (78 species) as Near Threatened, 4% (26 species) as Data Deficient, and 27% (168 species) as Least Concern. Our assessment almost doubles the number of threatened species in comparison with previous evaluations. In addition to habitat loss, the expansion of the agricultural/cattle raising frontier and other anthropogenic threats (roads, human settlements, and mining/oil activities) amplify the incidence of other pressures as relevant predictors of ecological integrity. Potential synergic effects with climate change and emergent diseases (apparently responsible for the sudden declines), had particular importance amongst the threats sustained by Ecuadorian amphibians. Most threatened species are distributed in montane forests and paramo habitats of the Andes, with nearly 10% of them occurring outside the National System of Protected Areas of the Ecuadorian government. Based on our results, we recommend the following actions: (i) An increase of the National System of Protected Areas to include threatened species. (ii) Supporting the ex/in-situ conservation programs to protect species considered like Critically Endangered and Endangered. (iii) Focalizing research efforts towards the description of new species, as well as species currently categorized as Data Deficient (DD) that may turn out to be threatened. The implementation of the described actions is challenging, but urgent, given the current conservation crisis faced by amphibians

Semillero de Investigación 2014

El Instituto Unidad de Investigaciones Jurídico-Sociales Gerardo Molina, UNIJUS promueve y apoya el desarrollo e implementación de programas y proyectos de investigación que aporten al conocimiento de la realidad nacional e internacional, de las instituciones jurídicas, políticas y sociales, así como de las teorías jurídicas y políticas que contribuyan a la construcción de nuevas propuestas para la solución de las problemáticas que aquejan la sociedad. Por tal motivo, es fundamental el apoyo constante a la formación de semilleros de investigación en la Facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales de la Sede Bogotá, así como la consolidación de los semilleros ya existentes. En el año 2014, se desarrolló la Convocatoria No. 074 para la selección de semilleros de Investigación I y II de Facultad de Derecho, Ciencias Políticas y Sociales. Como resultado de dicho proceso fueron seleccionadas trece propuestas de investigación integradas por un total de 43 estudiantes, quienes a su vez se encontraban vinculados a ocho grupos de investigación.¿Cómo se significan las víctimas del conflicto social y armado colombiano? Reflexiones en el marco de los diálogos de paz de La Habana Pretende identificar las posturas en disputa en torno al significado de “víctima” en el marco de la discusión del punto de víctimas en los Diálogos de paz de La Habana; con el fin de comprender cómo éstos han servido para posicionar una determinada forma de leer el conflicto armado y la paz. En este sentido, se indaga si la disputa por darle significado a las víctimas se ha desarrollado a través de relaciones antagónicas entre diversos actores de la arena política colombiana, gracias a la discusión generada en torno a la diferenciación —tajante o no— que hacen los actores entre víctimas y victimarios. Semillero a cargo del profesor Carlos medina Gallego.Medios de Comunicación, Poder Punitivo y Proceso de paz Hace un análisis de la forma en la cual los medios de comunicación han abordado el tema de las negociaciones de paz, desde la responsabilidad penal de los miembros de la guerrilla de las FARC-EP. Muestra los puntos de vista que han sido favorecidos a través de la clasificación en paz sin impunidad, ampliación del delito político y paz sin responsabilidad penal de las noticias del programa “6:00 am Hoy por Hoy” de Caracol Radio, las presentadas por Noticias RCN en su franja de las 7:00 pm y las publicadas en el periódico El Tiempo. Semillero a cargo del profesor Oscar Mejía QuintanaLa Cumbre Agraria, Campesina, Étnica y Popular y los diálogos de paz de La Habana Analiza la Cumbre Agraria en el contexto de los diálogos de paz de La Habana, para lo cual caracteriza a la Cumbre Agraria como sujeto político; examina las concepciones contrahegemónicas de territorio y paz por parte de la Cumbre Agraria a partir del examen del pliego de exigencias y otras fuentes primarias de información e indaga por las tensiones que los acuerdos de política de desarrollo integral y participación política imponen a la construcción del proyecto político de Cumbre Agraria. Semillero a cargo de la profesora Carolina Jiménez MartínEl papel de los politólogos egresados en el marco del Proceso de Paz y un eventual posconflicto Se aborda la participación de los politólogos en la reparación a las víctimas y la construcción de verdad, identificando cómo se traducen los diálogos de paz y un eventual posconflicto en el campo laboral de la Ciencia Política en Colombia. Presenta las principales críticas, inquietudes y propuestas de los politólogos, en torno a la profesionalización de la disciplina en el contexto político, económico y social del país. Semillero a cargo del profesor David Alberto Roll Vélez.Justicia comunitaria en la zona de reserva campesina de Cabrera, Sumapaz El documento define un marco teórico y conceptual desde el cual se leerá la justicia comunitaria en Cabrera. Hace una reconstrucción histórica de Cabrera y sus prácticas jurídicas, por separado, para fines pedagógicos. Analiza los conflictos más relevantes haciendo un análisis de su anatomía, identificando instituciones, normas y procedimientos en ellos. Finalmente da cuenta de la importancia de la justicia comunitaria, en relación a la capacidad del Estado para garantizar el acceso a la administración de justicia efectiva del campesinado colombiano. Semillero a cargo del profesor Edgar Augusto Ardila Amaya.Evaluación del programa de territorios de vida y paz en la UPZ La Sabana, Bogotá 2012-2014 Evalúa el programa Territorios de Vida y Paz con Prevención del Delito en la UPZ La Sabana, desde el nivel de cumplimiento de las metas y desde la caracterización de las dificultades y aspectos positivos del planteamiento y desarrollo de la implementación de los programas (análisis del comportamiento de las cifras de seguridad de la localidad de Los Mártires y la UPZ La Sabana), para proponer algunas propuestas que aporten en la formulación e implementación de una política de seguridad urbana integral. Semillero a cargo del profesor Alejo Vargas Velásquez.Una lucha más allá de las fronteras nacionales: el caso del pueblo indígena Awá, 2009-2014 Describe cómo se ha desarrollado el proceso de resistencia y lucha del pueblo indígena colombiano Awá en el plano internacional, mediante la creación de Redes Transnacionales de Defensa y la Instrumentalización Subalterna del Derecho Internacional. Esto, para la defensa y garantía de sus derechos, frente a las problemáticas ligadas al conflicto armado interno colombiano en el período comprendido entre los años 2009-2014. Semillero a cargo del profesor Edgar Alberto Novoa Torres.Derecho a la vivienda, victimas y políticas públicas. Caso: proyecto Usme metro 136 Analiza la realidad de los habitantes del proyecto de vivienda Usme Metro 136 destinado a las víctimas del conflicto armado en Colombia con residencia en Bogotá. Se centra en los aspectos institucionales y normativos que rigen la restitución de vivienda a las personas víctimas del desplazamiento forzado, para describir las vivencias y percepciones que han tenido los habitantes del Proyecto; y los procesos organizativos que se han gestado en la proceso de defensa de los derechos como víctimas y en el avance del tejido social que permitan mejorar sus condiciones de vida. Semillero a cargo del profesor Miguel Ángel Herrera Zgaib.Atravesando Fronteras: relatos de Colombianos en el Exterior Analiza desde las teorías de push and pully capital social, las problemáticas vinculadas a la migración y el regreso de retornados laborales/empresariales, estudiantiles y/o académicos, y los retornados infantiles y/o juveniles. Considera la existencia de una in-visibilización de esta comunidad por parte del Estado colombiano, al ser incapaz de apoyar al capital humano entrante. Semillero a cargo del profesor David Alberto Roll Velásquez.Los paradigmas democráticos y el modelo colombiano: un análisis desde el sujeto, el voto y la representación Presenta, una caracterización del modelo democrático colombiano desde su adscripción al paradigma liberal, en su vertiente participativa. Expone los factores materiales del modelo democrático colombiano (violencia, bipartidismo, corrupción y clientelismo), entendidos como condiciones que limitan la participación del sujeto, principalmente; y reconstruye la noción de sujeto democrático desde la restricción de su representación en el régimen de partidos políticos y, a partir de ésta, hace un estudio de caso del Centro Democrático. Semillero a cargo del profesor Andrés Abel Rodríguez Villabona.Balance legislativo sobre el territorio y la identidad raizal en San Andrés, Providencia y Santa Catalina Presenta un acercamiento al pueblo Raizal de las Islas de San Andrés, Providencia y Santa Catalina a través del análisis de la protección a la diversidad étnica y cultural; y la suficiencia e idoneidad de la legislación que atañe al Archipiélago de San Andrés, Providencia y Santa Catalina en materia de territorio e identidad del pueblo Raizal. Para ello, identifica la normatividad y jurisprudencia vigente en estos aspectos, con el fin de evaluar los efectos prácticos frente a las condiciones de vida de los Raizales; consecuentemente, analiza la relación histórica existente entre dichos efectos y los procesos de resistencia que protagoniza la comunidad. Semillero a cargo del profesor Edgar Alberto Novoa Torres.La maternidad subrogada en Colombia Describe el concepto de maternidad subrogada, sus consecuencias y la mejor forma de regular los tratamientos médicos tecnológicamente avanzados; en aras de formular una propuesta de figura jurídica regulatoria de la maternidad subrogada en Colombia. Realiza una reconstrucción teórica sobre las figuras jurídicas de contrato y convención tratando de insertar el mencionado concepto en estas categorías; para finalmente concluir afirmando que la convención es la institución jurídica que resulta más apropiada para tratar el tema. Semillero a cargo del profesor Freddy Saza Pineda.Análisis del comportamiento legislativo del Acto Legislativo 02 de 2015 “Por medio del cual se adopta una reforma de Equilibrio de Poderes y Reajuste Institucional y se dictan otras disposiciones” durante su proceso de aprobación en el Congreso de la República. Observa los factores que inciden en el comportamiento de los legisladores durante el proceso de aprobación del Acto Legislativo 02 de 2015. Realizando una contextualización histórico-política junto a la revisión de las teorías relativas a los aspectos más comunes que inciden en la toma de decisiones por parte de congresistas. El documento busca demostrar que el entorno institucional en el que se rodean los legisladores, la relación existente entre la bancada legislativa y el gobierno nacional, el interés por no afectar significativamente las condiciones actuales, así como los liderazgos que asumen el costo político, son aquellos factores que tienen mayor incidencia en el comportamiento legislativo para la aprobación del Acto Legislativo 02 de 2015 sobre Equilibrio de Poderes y Reajuste Instituciona

Sex differences in oncogenic mutational processes

Funder: Canadian Network for Research and Innovation in Machining Technology, Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada (NSERC Canadian Network for Research and Innovation in Machining Technology); doi: https://doi.org/10.13039/501100002790Funder: Genome Canada (Génome Canada); doi: https://doi.org/10.13039/100008762Funder: Canada Foundation for Innovation (Fondation canadienne pour l'innovation); doi: https://doi.org/10.13039/501100000196Funder: Terry Fox Research Institute (Institut de Recherche Terry Fox); doi: https://doi.org/10.13039/501100004376Abstract: Sex differences have been observed in multiple facets of cancer epidemiology, treatment and biology, and in most cancers outside the sex organs. Efforts to link these clinical differences to specific molecular features have focused on somatic mutations within the coding regions of the genome. Here we report a pan-cancer analysis of sex differences in whole genomes of 1983 tumours of 28 subtypes as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium. We both confirm the results of exome studies, and also uncover previously undescribed sex differences. These include sex-biases in coding and non-coding cancer drivers, mutation prevalence and strikingly, in mutational signatures related to underlying mutational processes. These results underline the pervasiveness of molecular sex differences and strengthen the call for increased consideration of sex in molecular cancer research

Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

Funder: NCI U24CA211006Abstract: The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts

Sex differences in oncogenic mutational processes

Sex differences have been observed in multiple facets of cancer epidemiology, treatment and biology, and in most cancers outside the sex organs. Efforts to link these clinical differences to specific molecular features have focused on somatic mutations within the coding regions of the genome. Here we report a pan-cancer analysis of sex differences in whole genomes of 1983 tumours of 28 subtypes as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium. We both confirm the results of exome studies, and also uncover previously undescribed sex differences. These include sex-biases in coding and non-coding cancer drivers, mutation prevalence and strikingly, in mutational signatures related to underlying mutational processes. These results underline the pervasiveness of molecular sex differences and strengthen the call for increased consideration of sex in molecular cancer research.Sex differences have been observed in multiple facets of cancer epidemiology, treatment and biology, and in most cancers outside the sex organs. Efforts to link these clinical differences to specific molecular features have focused on somatic mutations within the coding regions of the genome. Here we report a pan-cancer analysis of sex differences in whole genomes of 1983 tumours of 28 subtypes as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium. We both confirm the results of exome studies, and also uncover previously undescribed sex differences. These include sex-biases in coding and non-coding cancer drivers, mutation prevalence and strikingly, in mutational signatures related to underlying mutational processes. These results underline the pervasiveness of molecular sex differences and strengthen the call for increased consideration of sex in molecular cancer research.Peer reviewe

Retrospective evaluation of whole exome and genome mutation calls in 746 cancer samples

The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that ~80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAF < 15%) and clonal heterogeneity contribute up to 68% of private WGS mutations and 71% of private WES mutations. We observe that ~30% of private WGS mutations trace to mutations identified by a single variant caller in WES consensus efforts. WGS captures both ~50% more variation in exonic regions and un-observed mutations in loci with variable GC-content. Together, our analysis highlights technological divergences between two reproducible somatic variant detection efforts.The Cancer Genome Atlas (TCGA) and International Cancer Genome Consortium (ICGC) curated consensus somatic mutation calls using whole exome sequencing (WES) and whole genome sequencing (WGS), respectively. Here, as part of the ICGC/TCGA Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) Consortium, which aggregated whole genome sequencing data from 2,658 cancers across 38 tumour types, we compare WES and WGS side-by-side from 746 TCGA samples, finding that -80% of mutations overlap in covered exonic regions. We estimate that low variant allele fraction (VAFPeer reviewe

Memorias semana de la Facultad de Educación. VII semana: historias, saberes y prácticas educativas innovadoras e incluyentes.

Las Memorias de la VII Semana de la Educación “Historias, saberes y prácticas educativas innovadoras e incluyentes”, publicadas por la Editorial de la Corporación Universitaria Minuto de Dios – UNIMINUTO, reúnen las ponencias y resúmenes sobre esta temática presentadas en un evento de realización anual, cuyo propósito es socializar experiencias investigativas y académicas de grupos, semilleros de investigación y trabajos de grado entre estudiantes y profesores de la Facultad de Educación, y con profesores y estudiantes de otras instituciones educativas que gentilmente compartieron experiencias en el campo de la educación, la pedagogía, el arte, la cultura y el deporte. El principal interés de este encuentro radica en recoger la construcción histórica educativa de la Corporación Universitaria Minuto de Dios – UNIMINUTO con respecto a sus orígenes y construcciones académicas; y las experiencias históricas de otras propuestas educativas a nivel de la educación infantil, básica, media y superior con tejido cultural y social, desde un enfoque diferencial y diverso en el cual todas las experiencias enriquecen la formación de maestros desde la innovación e inclusión en los diferentes contextos. En este encuentro participaron las universidades Antonio Nariño, de la Amazonia, del Rosario, La Gran Colombia y Pedagógica Nacional, así como la Corporación Escuela Pedagógica Experimental, el Centro Educativo de Nuestra Señora de la Paz, el Instituto Colombo Sueco y varios docentes de la Secretaría de Educación Distrital de Bogotá D. C